Dokumentacja poszczególnych naborów programu Polskie Powroty określa roczne limity wynagrodzenia Kierownika Projektu (Powracającego Naukowca), z uwzględnieniem kosztów pracodawcy.
Narodowa Agencja Wymiany Akademickiej przyjmuje interpretację, zgodnie z którą na etapie realizacji projektu beneficjenci programu Polskie Powroty mają prawo do wykorzystania kwoty przyznanej na wynagrodzenie Kierownika Projektu (Powracającego Naukowca) bez podziału na lata. Wysokość miesięcznego wynagrodzenia musi jednak spełniać zasady racjonalności, gospodarności i efektywności, być zgodna z regulacjami wewnętrznymi beneficjenta (Instytucji zatrudniającej) oraz z pozostałymi warunkami kwalifikowalności określonymi w dokumentacji naboru. Biorąc pod uwagę ciągłość świadczenia pracy Powracającego Naukowca - suma rocznego wynagrodzenia w poszczególnych latach realizacji projektu powinna być na zbliżonym poziomie, nie budzić wątpliwości co do nieracjonalności poniesionego wydatku.
Stanowisko to jest stosowane jednolicie dla wszystkich beneficjentów programu Polskie Powroty, niezależnie od edycji.