W NAWA funkcjonuje dziesięcioosobowe ciało kolegialne – Rada Narodowej Agencji Wymiany Akademickiej, w którego skład wchodzą przedstawiciele środowiska i instytucji publicznych. Rada proponuje kierunki rozwoju Agencji oraz opiniuje plany i sprawozdania z działalności Agencji.

W skład Rady NAWA wchodzą przedstawiciele:

1. Prezesa Rady Ministrów;
2. ministra właściwego do spraw szkolnictwa wyższego i nauki;
3. ministra właściwego do spraw zagranicznych;
4. ministra właściwego do spraw finansów publicznych;
5. ministra właściwego do spraw gospodarki;
6. Konferencji Rektorów Akademickich Szkół Polskich;
7. Krajowej Reprezentacji Doktorantów;
8. Parlamentu Studentów Rzeczypospolitej Polskiej;
9. Rady Głównej Nauki i Szkolnictwa Wyższego.