W NAWA funkcjonuje dziesięcioosobowe ciało kolegialne – Rada Narodowej Agencji Wymiany Akademickiej, w którego skład wchodzą przedstawiciele środowiska i instytucji publicznych. Rada proponuje kierunki rozwoju Agencji oraz opiniuje plany i sprawozdania z działalności Agencji.
W skład Rady NAWA wchodzą przedstawiciele:
- Prezesa Rady Ministrów
- ministra właściwego ds. szkolnictwa wyższego
- ministra właściwego ds. nauki
- ministra własciwego ds. finansów publicznych
- ministra własciwego ds. gospodarki
- ministra właściwego do spraw zagranicznych
- Konferencji Rektorów Akademickich Szkół Polskich
- Krajowej Reprezentacji Doktorantów
- Parlamentu Studentów Rzeczypospolitej Polskiej
- Rady Głównej Nauki i Szkolnictwa Wyższego
