W NAWA funkcjonuje dziesięcioosobowe ciało kolegialne – Rada Narodowej Agencji Wymiany Akademickiej, w którego skład wchodzą przedstawiciele środowiska i instytucji publicznych. Rada proponuje kierunki rozwoju Agencji oraz opiniuje plany i sprawozdania z działalności Agencji.

 W skład Rady NAWA wchodzą przedstawiciele: 

• Prezesa Rady Ministrów
• ministra właściwego ds. szkolnictwa wyższego
• ministra właściwego ds. nauki
• ministra własciwego ds. finansów publicznych
• ministra własciwego ds. gospodarki
• ministra właściwego do spraw zagranicznych
• Konferencji Rektorów Akademickich Szkół Polskich
• Krajowej Reprezentacji Doktorantów
• Parlamentu Studentów Rzeczypospolitej Polskiej
• Rady Głównej Nauki i Szkolnictwa Wyższego